健康飲用水應符合以下要求：不含致病菌、重金屬和有害化學物質;含適量礦物質和微量元素;含新鮮適量的溶解氧;偏堿性、水的分子團小，活性強。專家指出：正規廠家生產的飲水機和桶裝水基本符合這個條件。
　　一、結垢：飲水機中容易出現水垢，特別是在水質硬度較高的地區。出現的白色沉澱物大部分是碳酸鹽類。其實這些鹽類以一種很穩定的化合物形態存在，還沒有證據表明對人體有害。但這些物質的存在影響了熱交換的效率，結垢嚴重時，會帶來安全隱患。因此飲水機要及時除垢。
　　二、“千滾水”：這種提法不科學。飲水機的加熱溫度一般為85℃~95℃，沒有達到沸騰的程度。但是長期加熱對水的活性會產生影響，因此加熱時間越長，水的活性越差，俗稱“老化水”，因此在長時間不飲用時，應關掉電源，除了省電，還能避免水活性的喪失。
　　三、飲水機中含亞硝酸鹽：由於水中都含有硝酸鹽氮，當飲水機微生物汙染嚴重時，會促使硝酸鹽氮轉化為亞硝酸鹽氮。WHO飲用水指令中規定該指標在短期內超過3mg/L時，嬰兒會發生高鐵血紅蛋白症。從目前的研究看還沒有足夠的證據表明亞硝酸鹽與癌症有直接的關係。
　　四、細菌：當飲水機中水溫超過60℃時，普通微生物就可以殺滅。80℃以上時，10~20分鍾可以將芽孢杆菌殺滅。
　　五、加熱膽的材料導致有害物質析出：多數正規企業生產加熱膽所使用的材料是不鏽鋼，符合國家相關衛生標準。不鏽鋼耐受的溫度遠遠高於沸水的溫度，因此不會有有害物質析出。而一些假冒偽劣產品使用的是不衛生材料，經熱水浸泡後，有害物質可以被溶解出來，就會危害健康。
　　使用飲水機真正的健康隱患其實是二次汙染。每款飲水機都有5個與外界相通的部分，即兩個龍頭、進水口、空氣口、排汙口。飲水機的二次汙染主要是空氣中的粉塵攜帶大量的微生物、藻類等隨著空氣進入飲水機，特別是空氣口、排水口容易形成死角，微生物在此大量繁殖，同時也汙染桶裝水。
　　在國外，使用飲水機都有專業指導，必須定期清潔。約2~3個月清洗一次，清洗時要找專業人員，自己清洗要使用專用的微酸性清洗消毒液。另外，飲水機裏的水要盡快用掉，特別是夏天，最好一周內用完。
　　目前，一些企業針對現有飲水機的弊端進行了改進，例如袋裝水、真空負壓飲水機、無膽飲水機、抑菌材料的使用等，這些新型飲水機將帶來更健康的飲用水。